Biosferos poligonai, NATURA teritorijos

• Gubernijos miško biosferos poligonas. Įsteigtas 2004 m. Bendras poligono plotas 19262,20 ha, Šiaulių rajone esantis poligono plotas - 18230,91 ha.  Poligonas įsteigtas išsaugoti Gubernijos miško ekosistemą, ypač siekiant išlaikyti mažojo erelio rėksnio populiaciją teritorijoje.

Buveinių apsaugai svarbios teritorijos

• Bulėnų pelkė. Įsteigta 2005 m. Bendras teritorijos plotas 115,31 ha, ji visa plyti Šiaulių rajono teritorijoje.  Teritorija įsteigta išsaugoti natūralius eutrofinius ežerus su plūdžių arba aštrių bendrijomis, degradavusias aukštapelkes, tarpines pelkes ir liūnus, pelkinius miškus.
• Dubysos upės slėnis ties Bazilionais. Įsteigta 2009 m. Bendras teritorijos plotas 58,67 ha, ji visa plyti Šiaulių rajono teritorijoje.  Teritorija įsteigta išsaugoti eutrofinius aukštuosius žolynus, aliuvines pievas.
• Gudmoniškės pelkė. Įsteigta 2005 m. Bendras teritorijos plotas 99,85 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 5,01 ha.  Teritorija įsteigta išsaugoti tarpines pelkes ir liūnus, nekalkingus šaltinius ir šaltiniuotas pelkes, šarmingas žemapelkes, dvilapį purvuolį.
• Lygė. Įsteigta 2005 m. Bendras teritorijos plotas 191,69 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 153,40 ha. Teritorija įsteigta išsaugoti aktyvias aukštapelkes, tarpines pelkes ir liūnus, žemapelkes su šakotąja ratainyte, šarmingas žemapelkes, vakarų taigą, pelkėtus lapuočių miškus, pelkinius miškus, dvilapį purvuolį.
• Pageluvio ežerynas. Įsteigta 2004 m. Bendras teritorijos plotas 132,02 ha, ji visa plyti Šiaulių rajono teritorijoje.  Teritorija įsteigta išsaugoti natūralius distrofinius ežerus, aktyvias aukštapelkes, tarpines pelkes ir liūnus, vakarų taigą, pelkėtus lapuočių miškus, pelkinius miškus.
• Paraudžių miškas. Įsteigta 2005 m. Bendras teritorijos plotas 100,94 ha, ji visa plyti Šiaulių rajono teritorijoje.  Teritorija įsteigta išsaugoti vakarų taigą, žolių turtingus eglynus, pelkėtus lapuočių miškus, pelkinius miškus.
• Rėkyvos pelkė. Įsteigta 2005 m. Bendras teritorijos plotas 2559,64 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 1043,29 ha.  Teritorija įsteigta išsaugoti pelkėtus lapuočių miškus, pelkinius miškus, auksuotąją šaškytę, didįjį ausinuką, kūdrinį pelėausį.
• Varputėnų miškas. Įsteigta 2006 m. Bendras teritorijos plotas 288,89 ha, ji visa plyti Šiaulių rajono teritorijoje.  Teritorija įsteigta išsaugoti vėjalandę šilagėlę.
• Ventos upė. Įsteigta 2004 m. Bendras teritorijos plotas 178,98 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 5,96 ha.  Teritorija įsteigta išsaugoti kartuolę, ovaliąją geldutę, ūdrą, upinę nėgę, paprastąjį kirtiklį.
• Ventos upės slėnis aukščiau Papilės. Įsteigta 2009 m. Bendras teritorijos plotas 72,55 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 38,36 ha.  Teritorija įsteigta išsaugoti stepines pievas, eutrofinius aukštuosius žolynus, aliuvines pievas, šienaujamas mezofitų pievas, griovų ir šlaitų miškus, paupių guobynus.

Paukščių apsaugai svarbios teritorijos

• Gubernijos miškas. Įsteigta 2005 m. Bendras teritorijos plotas 19262,20 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 18230,91 ha.  Teritorija įsteigta išsaugoti mažuosius erelius rėksnius.
• Tyrulių pelkė. Įsteigta 2004 m. Bendras teritorijos plotas 3698,57 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 436,54 ha.  Teritorija įsteigta išsaugoti pievinių lingių, migruojančių gervių sankaupų vietoms.
• Ventos upės slėnis. Įsteigta 2004 m. Bendras teritorijos plotas 3355,73 ha, Šiaulių rajono teritorijoje esantis teritorijos plotas - 89,93 ha.  Teritorija įsteigta išsaugoti griežles, tulžius.